Gemaal De Koekoek is in 1986 gesticht naar ontwerp van bureau De Haan Civiel in het kader van de ruilverkaveling in de Lopikerwaard. Daarbij werden de toenmalige 16 gemalen vervangen door vier moderne gemalen. De Koekoek is vernoemd naar huis de Koekoek en het Koekoeksveer, naar het aan de overkant van de Lek gelegen Tienhoven. Het gemaal doet dient als uitwateringgemaal voor bijna de (zuidelijke)helft van de Lopikerwaard, ongeveer 6500 ha. De andere gemalen zijn gemaal De Keulevaart bij Haastrecht, gemaal De Pleyt in Willeskop en gemaal De Hoekse Molen bij IJsselstein.
Het gemaal was bij de opening uitgerust met twee door 330 kW sterke AEG elektromotoren aangedreven Stork schroefcentrifugaalpompen met betonnen slakkenhuizen. In 2009 werd het gemaal geheel gerenoveerd en werd de aandrijving vervangen door twee DAC VSD Squirrel-cage elektromotoren van 355 kW. Het gemaal heeft daarmee thans een capaciteit van 2x 336 m3/minuut bij een opvoerhoogte van 2,9 meter, maximaal 3,3 meter. Bij stroomuitval kan het gemaal terugvallen op een dieselmotor voor noodstroom.
De wateraanvoer vindt plaats via een inlaatkanaal waar verschillende watergangen op uitkomen: de Broeik, de Wielse Wetering en de Achterkade. Het gemaal slaat uit op de Lek via twee betonnen persleidingen. In tijden van extreme droogte voert De Stichtse Rijnlanden soms via De Koekoek extra zoetwater aan naar West Nederland. Dat gebeurt in het kader van de KWA (Klimaatbestendige Water Aanvoer) om verzilting van het water daar tegen te gaan. Eén van de aanvoerroutes van zoetwater voor West Nederland is de Lopikerwaardroute. Bij gemaal De Koekoek kan dan 309 m3 water per minuut via de persleidingen worden ingelaten vanuit de Lek. Via de Lopikerwaard wordt dit water doorgevoerd naar gemaal de Keulevaart. Dit gemaal pompt het water op de Gekanaliseerde Hollandse IJssel. Via de inlaat Hekendorp en de Enkele Wiericke stroomt het water dan naar Bodegraven.
.