Oorspronkelijk viel de polder Blokhoven onder het waterschap Schalkwijk, samen met de polder Biester. Aanvankelijk werd het gebied bemalen door twee molens, uitslaande op de Schalkwijkse Wetering. In 1881 werd de molen van Blokhoven vervangen door een stoom-schepradgemaal met een vermogen van 12 pk. Dit gemaal stond aan de noordkant van de polder Blokhoven en werd waarschijnlijk geleverd door de fa. Smulders Utrechtse IJzergieterij en Machinefabriek. 
In 1922 werd het stoomgemaal opgeheven en gesloopt en kreeg de polder op de zelfde plaats een elektrisch aangedreven schroefpompgemaal met een capaciteit van 33m3 per minuut bij een opvoerhoogte van 80 cm. In 2002 werd het gemaal aan de noordkant van de polder opgeheven en kwam er een nieuw gemaal aan de zuidkant van de polder, op de plaats van een daar al sinds 1977 aanwezig prefabgemaal. 
Het gemaal is een is een elektrisch vijzelgemaal met een capaciteit van 75m³ per minuut bij een opvoerhoogte van 1,1 meter. Het gemaal ligt achter het fort ‘Werk aan de Korte Uitweg’.  Het krijgt via een maalvliet water aangevoerd van de Blokhovense Wetering. In het kader van de uitbouw van de beleving van de Nieuwe Hollandse Waterlinie is, in samenwerking met projectbureau Linieland en de gemeente Houten, tussen de Achterdijk en de Blokhovense Wetering een inundatieveld aangelegd. Dit wordt gebruikt om publiek zicht te geven op het ‘hoe en wat’ van het inunderen onder de naam: ‘beleef de inundatie’.