Stichting en situatie
Gemaal Schaphalsterzijl is gebouwd in opdracht van het Waterschap Noorderzijlvest en in november 2005 na een bouwperiode van ruim twee jaar officieel in gebruik gesteld. Het gemaal is gelegen bij de aansluiting van het Winsumerdiep op het Reitdiep op de plek van het oude Schaphalsterzijl. Tegelijkertijd met de bouw van het gemaal is het monumentale complex van de drie sluizen, de Schaphalsterzijl, de Winsumerzijl en de Nieuwe Sluis, gerestaureerd. Het heeft een nieuwe functie gekregen als bovenhoofd van de naast het gemaal gelegen schutsluis. Het behoud van het sluizencomplex heeft als consequentie dat de toestroming naar de pompen onder een hoek van negentig graden verloopt. Speciale voorzieningen zijn getroffen, in de vorm van aparte instroomkanalen voor iedere pomp en speciaal vormgegeven zuigkasten en krooshekken, om de ongunstige effecten hiervan op te heffen. Het water wordt, via drie om de sluis heen lopende uitstroomkokers, uit het Winsumerdiep in het Reitdiep gepompt. Naast het gemaal bevindt zich een vispassage, terwijl bij de sluis een schaats- en kanopassage is aangelegd.

Functie en bedrijfsvoering
Gemaal Schaphalsterzijl bemaalt, met de gemalen Stad & Lande, Tilburg en Abelstok de tweede schil van de Electra-boezem, een gebied ter grootte van circa 100.000 ha. De bedrijfsvoering is geheel geautomatiseerd en kan ook, zo nodig, op afstand plaats vinden.

Installatie
Oorspronkelijk was het gemaal uitgerust met drie elektrisch aangedreven open verticale schroefpompen van Flowserve met een capaciteit van 235 m3 per minuut elk, bij een opvoerhoogte van 1 meter. Bij een renovatie in 2019-2020 zijn de aandrjvingen en pompen vervangen door Stork, met als doel de capaciteit van het gemaal te vergroten van 705 naar 1125 m3 per minuut.