Het gemaal Neptunus is in 1871 gesticht als voor de bemaling van de Zuid- en Noordeinderpolder, waarschijnijk naar ontwerp van J. Goldberg. Het was uitgerust met een 27 pk stoommachine van de IJzergieterij De Prins van Oranje uit Den Haag en een scheprad. Lozing vond plaats op het Aarkanaal. Het betrof een klein type stoomgemaal, waarbij de ketelruimte en de machinekamer samen in één bouwvolume waren ondergebracht; van elkaar gescheiden door een middenmuur. Het opvoerwerktuig, mogelijk een vijzel of centrifugaalpomp, bevond zich in het bouwvolume met het platte dakje tegen de zijmuur van de machinekamer.
In 1929 is de installatie vervangen door een Ruston oliemotor en een Pannevis centrifugaalpomp. In 1965 werd de motor vervangen door een 80 kW sterke dieselmotor van de Alphense machinefabriek De Industrie, type 2D41, waarmee het gemaal een capaciteit had van 95 m3/min. bij een opvoerhoogte van 1,6 m. Deze dieselmotor werd omstreeks 2010 vervangen door een elektromotor. Sinds 2014 is de functie van het gemaal definitief overgenomen door het nieuwe, naast het gemaal in de Noordeindersluis gestichte gemaal Zuid- en Noordeinderpolder.